Pour les petites et moyennes entreprises, la bonne organisation de la facturation est un enjeu stratégique. Il est important de s’équiper d’un logiciel efficace et fiable afin de soutenir solidement ces tâches centrales de l’activité. Nous avons donc opéré une sélection parmi les logiciels de facturation existants, afin de vous présenter les meilleurs outils pour les PME.
Certains outils dans cet article sont sponsorisés. Ils comportent la mention “Sponsorisé”. Découvrez comment sponsoriser votre outil.
Notre sélection de logiciels de facturation pour PME
S’équiper d’un logiciel de facturation implique de faire un choix parmi un marché très vaste. Puisqu’il n’est pas toujours simple de s’y retrouver, voici les outils que nous vous recommandons en priorité.
Sellsy : un outil unique pour simplifier la facturation en PME

Sellsy est une solution française complète et tout-en-un, pensée pour les TPE et PME qui souhaitent simplifier leur gestion et anticiper la réforme de la facturation électronique. Bien plus qu’un simple logiciel de facturation, Sellsy regroupe CRM, trésorerie, gestion commerciale et marketing au sein d’une seule interface intuitive.
5 avantages clés de Sellsy :
- Conformité assurée
- Centralisation : facturation, CRM, trésorerie et marketing dans un outil unique.
- Automatisation : envois, relances et archivage électronique simplifiés.
- Pilotage en temps réel : suivi précis des paiements, ventes et achats.
- Simplicité : interface intuitive, conçue pour les dirigeants et leurs équipes.
Avec Sellsy, vous disposez d’un outil moderne, fiable et français qui combine conformité, performance et accompagnement pour accompagner durablement la croissance de votre entreprise.
Facture.net : la plateforme gratuite qui réunit l’essentiel pour la facturation

Il est parfaitement possible pour une PME de gérer ses facturations en ligne avec Facture.net. Il s’agit du logiciel gratuit conçu par Codeur.com pour soutenir la gestion interne des entreprises de toute taille, avec pour mot d’ordre de faciliter les démarches de facturation.
Les petites et moyennes entreprises retrouvent tout ce dont elles ont besoin. Facture.net est avant tout un outil qui garantit la conformité des documents créés aux normes légales et le respect de la loi anti-fraude TVA. Il accompagne aussi les PME dans la transition vers la facturation électronique et fera office de PDP. Autre avantage, vous bénéficiez d’un CRM inclus, en plus d’un logiciel de facturation très simple à utiliser. Et tout cela est gratuit !
Les points forts de Facture.net :
- Outil 100% gratuit et qui le restera
- Devis et factures illimitées
- CRM inclus
- Conforme à la facturation électronique et pré-enregistrée comme PDP
- Noté 4,9/5 par les entreprises clientes
Sage 100 Gestion Commerciale : la facturation au cœur de la dématérialisation de la PME

Sage 100 Gestion Commerciale est le logiciel de facturation pour les PME de la suite Sage. Il s’agit d’une solution solide pour dématérialiser les factures et piloter l’ensemble de l’administratif de l’entreprise. Plus largement, toutes les étapes de la chaîne commerciale sont intégrées, permettant à une PME de gérer ses achats et ses stocks et d’automatiser son parcours de vente.
Cette suite d’outils s’adresse aux entreprises souhaitant centraliser un maximum de tâches. C’est d’autant plus pertinent que Sage 100 Gestion Commerciale est une solution personnalisable, évolutive et pouvant être complétée par différents modules. En ce qui concerne la facturation, elle est adaptée aux formats électroniques réglementaires et en totale conformité.
Les avantages de Sage 100 Gestion Commerciale :
- Automatisation des devis et des factures
- Aux normes pour les factures électroniques et PDP intégrée
- Adapté pour une dématérialisation totale de la gestion commerciale
- Signature électronique et paiement en ligne
Tiime : logiciel de facturation gratuit et conforme

Tiime réunit toutes les fonctionnalités nécessaires pour gérer la facturation en PME. Logiciel gratuit, il permet la création et l’envoi illimités de factures. Celles-ci peuvent être personnalisées sans contraintes, d’autant que l’outil est simple à prendre en main.
L’automatisation de tâches apporte un gain de temps et d’efficacité non négligeable pour les entreprises de taille moyenne. Tiime a beau être un logiciel gratuit, il garantit une totale conformité en termes de mentions légales et de normes sur la facturation électronique. Il propose aussi le multi-taux de TVA, des moyens de paiements automatisés, le suivi des statuts clients et la relance des impayés.
Les atouts de Tiime :
- Logiciel de facturation français
- 100% gratuit
- Aux normes Factur-X et pré-immatriculé en tant que PDP
- Archivage des factures pendant 10 ans
EBP : site unique pour la gestion de la comptabilité des PME

La plateforme EBP réunit différents outils qui permettent de piloter l’ensemble de la gestion interne de l’entreprise, qu’il s’agisse de comptabilité, de paie et bien sûr de facturation. Les différentes formules proposées aux PME incluent l’émission simplifiée des factures, parmi de nombreux autres services.
Très facile à utiliser, ce logiciel permet aux entreprises de se simplifier la vie. L’automatisation de la facturation représente un vrai gain de temps. Les données de la PME sont accessibles en temps réel et l’interface très intuitive. De plus, EBP est adapté à la réforme sur la facture électronique, ce qui apporte une amélioration des délais de paiement.
Les points forts de EBP :
- Gamme de logiciels pour facturation, comptabilité, paie, fiscalité et relation client
- Adapté aux spécificités de différents secteurs (bâtiment, commerce, industrie automobile…)
- Conforme et sécurisé
Pennylane : un outil de facturation puissant et complet

Adopter Pennylane pour la facturation de son entreprise est recommandé pour les PME ayant d’importants volumes de factures à émettre. Toutes les fonctionnalités les plus poussées sont disponibles, notamment la signature en ligne, le choix du mode de paiement par le client et les relances automatiques.
Grâce à des API et connecteurs, Pennylane permet une automatisation poussée des processus de facturation. La plateforme dispose aussi de multiples intégrations pertinentes. De plus, elle est parfaite pour gérer à la fois la facturation et l’ensemble de la comptabilité d’une entreprise de taille moyenne. Tout est centralisé, sans surcoût.
Les avantages de Pennylane :
- Facturation intégrée avec toute la gestion financière et comptable
- Immatriculée comme PDP
- Bonne connexion aux outils métier des PME
Qonto : solution tout-en-un pour la facturation des PME

Avec sa solution de facturation pour PME, Qonto fait partie des logiciels répondant spécifiquement aux besoins des entreprises de taille moyenne. Il s’agit d’un outil complet visant à simplifier le quotidien des comptables de l’entreprise. Il est facile à comprendre et réunit tout un ensemble de fonctionnalités.
En dehors de la création de devis et de factures électroniques, Qonto permet de suivre les paiements et de relancer les clients en un clic en cas d’impayé. Les documents émis et reçus sont centralisés sur une même plateforme, avec un tableau de bord offrant une bonne lisibilité de la trésorerie de la PME.
Ce qu’on retient chez Qonto :
- Devis et factures illimités
- Conversion des devis en factures en un clic
- Suivi des paiements, notifications en temps réel
- Bonne interopérabilité avec d’autres logiciels comptables
- Conforme à la réforme sur la facturation électronique
Quels critères prendre en compte pour choisir le logiciel de facturation d’une PME ?
Avant de faire son choix, il est recommandé d’étudier attentivement les fonctions que proposent les logiciels de facturation. En adoptant un outil complet, répondant bien aux besoins de sa PME, on évite en effet de multiplier les souscriptions et de s’éparpiller dans la gestion administrative quotidienne.
Parmi les fonctionnalités très utiles, retenez les options de paiement intégrées pour un règlement plus rapide, directement en ligne. Les logiciels les plus aboutis mettent aussi en place différentes automatisations, par exemple pour convertir les devis en facture, relancer les clients, réclamer un impayé.
On a tendance à l’oublier, mais l’ergonomie de l’outil est également un point très important. Plus l’interface est claire et simple à comprendre, plus vite le logiciel sera utilisé à bon escient au sein de l’entreprise. C’est la meilleure façon d’optimiser l’investissement réalisé et de tirer le meilleur profit des fonctions à disposition.
Par ailleurs, préférez une solution flexible et évolutive, qui suivra votre PME dans son développement. Il est essentiel pour une entreprise en plein essor de pouvoir compter sur des outils qui ne la limitent pas et suivent son succès.
Le logiciel de facturation d’une PME doit-il être conforme à la facturation électronique ?
À ce jour, les PME ne sont pas encore concernées par la réforme sur la facturation électronique. Mais attention, l’échéance fixée pour la mise en conformité approche à grands pas !
Ce qu’il faut retenir de cette réforme, c’est que toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en mesure de recevoir des factures électroniques aux normes dès le 1er septembre 2026. Puis, les PME devront pouvoir émettre des factures de ce type à partir du 1er septembre 2027.
Cela signifie que toutes ces entreprises devront respecter les formats légaux (Factur-X, UBL et CII), ce qui est essentiel pour la bonne transmission des données à l’administration. Par conséquent, il est fortement recommandé d’adopter dès à présent un logiciel de facturation conforme à cette loi. Anticiper signifie s’y préparer dans les meilleures conditions.
Une fois la réforme en place, la transmission des factures passera par une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) : certains des logiciels que nous vous avons présentés sont d’ores et déjà pré-enregistrées pour disposer d’une PDP intégrée, de quoi fluidifier encore plus la facturation de votre PME.